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上海农业科学院庄行试验站泽泉科技
全院下设作物育种栽培研究所、林木果树研究所、设施园艺研究所、食用菌研究所、畜牧兽医研所、生态环境保护研究所、农业科技信息研究所(数字农业工程与技术研究中心)、生物技术研究所、农产品质量标准与检测技术研究所、上海市农业生物基因中心等10个研究机构， 1个综合服务中心和1个综合试验站。拥有17个国家级和部级科技创新平台和成果转化平台，8个市级科技平台。馆藏各类中外书刊30余万册。
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一、上海市农业科学院农业科技信息研究所（以下简称信息所）
前身之一为院科技情报研究所，于1984年在院科技情报研究室基础上建立，同年，经市科委、市农委批准，肩负起了上海农业发展咨询研究中心的职责。1994年，科技情报研究所改名为农业科技信息研究所。前身之二为数字农业工程技术研究中心，始建于2006年10月，由院测试中心和院内各所相关研究力量组合而成。2007-2009年，在市科委支持下，上海市农科院筹建上海数字农业工程技术研究中心。2011年3月，数字农业工程技术研究中心与农业科技信息研究所合署办公。截至2019年，全所共有职工50余人。研究所设有综合办公室、数字农业工程技术研究中心（上海数字农业工程与技术研究中心）、都市农业研究中心（农业经济研究室）、期刊中心（包括《上海农业学报》《食用菌》《上海农业科技》《上海蔬菜》等4个编辑室）、图书馆、网络信息部等部门。
二、上海农科院作物育种栽培研究所
成立于1960年，现有职工46人，其中科技人员41人（高级研究人员22人；硕、博士35 人）。主要从事优质、高产、抗病的水稻、油菜和玉米等作物新品种、新组合选育和相关栽培技术研究，以及开展农产品保鲜加工研究和辐照灭菌服务。
建所以来，主持获得国家级科技奖励11项，主持获得市级各类科技成果奖72项，其中上海市科技进步（技术发明）一等奖12项、二等奖25项、三等奖28项；育成粮油作物审定品种150余个，其中国审品种10余个；获得国家植物新品种权50多个，国家发明专利40余项。2002年全国农林科研机构科技竞争力评估为百强研究所，2006年农业部科研机构综合评估为百强研究所。
近年来，研究所以农业科技创新为重点，不断调整研究内容，拓展新的研究领域，在优质杂交粳稻、双低油菜、糯玉米选育研究方面居国内外领先或先进水平，其中沪油系列双低油菜新品种在长江中、下游地区大面积种植，杂交水稻成为市郊主栽品种，优质常规水稻和鲜食玉米新品种推广面积逐年扩大，为优化种植业结构、农业增效和农民增收发挥了重要作用。
三、上海市农业科学院园艺研究所
成立于1960年4月，是上海市唯一从事蔬菜、西甜瓜新品种选育及栽培技术研究的专业研究机构，为全国农业科研开发综合实力百强研究所。
通过几代人的艰苦努力，我所蔬菜和西甜瓜育种家通过杂种优势育种等选育种途径，先后育成了各类蔬菜新品种包括青菜、甘蓝、青花菜、番茄、黄瓜、茄子、甜椒、西瓜、甜瓜、南瓜、毛豆以及特色蔬菜等十多大类的审认定品种和有关专利90多个（项）。近10年来园艺所主持的项目获上海市科技进步一等奖1项、二等奖3项、三等奖8项，发表学术论文300余篇。并先后针对各类基础设施和保护地设施开展了蔬菜瓜果高产、高效、安全、周年供应栽培技术的研究和推广，为上海及周边地区不同时期的蔬菜产业发展做出了贡献。
全所现拥有一支以博士、硕士为主体的中青年科研队伍，有职工80人，科技人员60人，其中高级职称25人，现有博士14名，硕士29名。设有设施园艺研究室、西甜瓜育种栽培研究室、十字花科叶菜类育种栽培研究室、特菜引育与种苗技术研究室。主要从事蔬菜和西甜瓜新品种选育与栽培、特色园艺作物引种选育推广、种子加工技术等研究，是上海市科委设施园艺技术重点实验室、上海市国家蔬菜改良分中心、上海市绿叶菜产业技术体系、国家大宗蔬菜产业技术体系上海试验站、上海市绿叶菜良种繁育中心的技术依托单位。
四、上海市农业科学院畜牧兽医研究所
前身是成立于1952年的华东农林部上海市立兽医院，1960年改为现名。主要从事家畜家禽健康养殖、遗传育种、疫病防治诊断技术、兽用生物制品研发等方面的研究工作。
研究所下设五个研究室（中心）：动物营养研究室，动物遗传育种研究室，动物生物制品研发中心，动物基因工程研究室及动物疫病预防研究室；两个专业期刊编辑部：《上海畜牧兽医通讯》、《国外畜牧学——猪与禽》编辑部；两个成果转化实体：上海佳牧兽用生物制品有限公司、上海申丰畜牧兽医科技有限公司；三个科研、实验基地：上海白猪种猪场、黄羽肉鸡种鸡场及白山羊种羊场。
研究所现有职工90名，其中博士28名，硕士28名，正高职称14人，副高职称24人。国家农业产业体系水禽岗位科学家1人,蛋鸡岗位科学家1人。建所以来已获得120余项科技成果，其中50余项荣获国家、部、市级科技成果奖；先后获得国家新兽药证书3个，授权国家发明专利10个，转基因安全证书1个，制定国家和地方标准3个；先后育成了我国第一个黄羽肉鸡品种新浦东鸡，地方品种上海白猪（农系），瘦肉型鸭配套系芙蓉鸭；诞生了国内第三例克隆猪。国家农业产业体系肉鸡、蛋鸡和水禽三个试验站也落户我所。
研究所1987~1988年度被上海市人民政府授予“上海市文明单位”称号，“八五”期间进入全国农业科研开发综合实力百强研究所行列，2011年被授予“上海市平安单位”称号。
五、质标所
成立于2006年4月，是院里的13家下设单位之一，主要是开展农产品、农业投入品和产地环境相关的质量安全研究与检测工作，通过了国家实验室认可及计量认证。
研究所拥有在职员工115人（在编83），其中硕博士以上学历人员65（30博士+35硕士）人，占比近80%。围绕食品安全“产出来”、“管出来”的科技创新需求，重点开展三个领域（化学污染物、病原微生物和真菌毒素）风险评估和防控技术及原理研究，共制定了46项国标、行标和地标。近年来重点研究抗生素耐药菌、二噁英、真菌毒素、农药等热点和焦点问题。
研究和检测综合实力较强，拥有3个市级平台（上海市农产品质量安全工程技术研究中心、上海市饲料质量监督检验站、上海市农产品质量安全评价专业技术服务平台），主要服务于上海市食品质量安全保障，也是市农委、食药局和卫计委在食用农产品和产地环境质量安全方面的重要技术支撑力量，承担了大量的粮食、蔬菜、水果、食用菌、畜产品、水产品的监测任务。参与过世博会、世游赛期间的食品安全保障工作。也参与应对了三鹿奶粉三聚氰胺事件、大闸蟹二噁英事件、氟虫腈毒鸡蛋等食品安全事件应对技术支持。
目前拥有4个部级平台（农业部农产品质量安全风险评估实验室、农业部食用菌产品质量监督检验测试中心、农业部植物新品种测试(上海)分中心）、农业部农药残留登记实验室），是农业部农产品质量安全监管方面的主要技术支撑机构，在全国的83家风险评估实验室中综合实力排在前三位（浙江、江苏、上海），全国农业系统第二家具备二噁英检测能力的实验室。研究所在食用菌领域、二噁英领域有独特的优势。
为打造国际接轨、国内一流的专业研究所，研究所开展了广泛的合作交流，与美国、英国、荷兰、比利时、澳大利亚等国11家单位签订了合作协议，共同开展研究和技术推广。
六、林果所
隶属于上海市农业科学院，始建于2002年，与作物所合署办公，至2011年3月独立办公，前身为园艺所果树室。研究所现有职工49人，其中科技人员45人，（高级研究人员24人，博士学位33人，硕士学位14人），后勤4人。现设桃、梨、葡萄、草莓、特色水果、花卉、林木、绿色智能栽培研究室组。
林果所主要从事桃、梨、草莓、葡萄等果树种质资源的收集、保存、鉴定评价与利用以及新品种选育研究；果树栽培新技术、新模式研究；中高档盆花及彩叶观赏苗木新品种选育研究。1人为国家产业体系岗位科学家，1人获批综合试验站站长，1人入选上海市领军人才。目前承担着国家和市级科研项目20余项，并先后获得上海市科技进步一等奖1项，二等奖2项，三等奖4项。
我所本着立足上海，辐射长三角，服务全国的理念，不断调整研究内容，拓展新的研究领域。在桃、梨、葡萄等育种研究方面趋于国内领先或先进水平。为上海和周边地区优化种植业结构，农业增效，农民增收发挥了重要作用。
七、食用菌所
成立于1960年，是我国建所最早、科研体系完备、学科门类齐全、人员层次较高、综合技术力量较强的食用菌专业研究所。现有职工71人，其中高级职称19人，博士25人，硕士28人；国内外客座研究员7人，包括外籍教授2人；中国科学院院士顾问1人。形成了食用菌遗传工程、资源与种质创新、生理与设施栽培、加工与发酵技术和产业经济与信息等研究方向。
现拥有“国家食用菌工程技术研究中心”、“农业部南方食用菌资源利用重点实验室”、“上海出口食用菌优良菌种标准化繁育中心”、“国家食用菌加工技术研发分中心”、“国家外专局引进国外智力基地”、“中国农业微生物保藏中心食用菌分中心”、“上海食用菌高效生产和加工产业技术创新战略联盟”，“上海市农业遗传育种重点实验室菌物分室”、“上海市天然药用资源研究开发中心”等国家和上海市的科研平台。中国农学会食用菌分会设在我所。
在五十多年的艰苦创业中，主持获得国家科技进步奖4项、参与获得国家奖2项，省部级奖50项。授权专利59项，其中发明专利36项。承担省部级科研项目230多项，编写专业著作20多部，在国内外的各类期刊和会议论文集上发表学术论文700多篇。获国家食品药品监督管理局批准的保健品6个，获得国家认定新品种19个，上海市认定品种42个。选育出的优良菌种、研制出的高产栽培技术已辐射全国各地，有的甚至还输出国外。
现在已与国外二十多个国家和地区的大学、科研机构建立了紧密的合作关系。通过与国内多所高等院校联合，形成了从培养初中级食用菌专业技术人员到以硕士、博士生为主的高级人才的人才培养体系。同时我所还承担了科技部、农业部的食药用菌国际培训班，为世界各国特别是第三世界的国家培养食药用菌技术骨干。
目前，我所以博士、硕士为主体的中青年科研队伍已经成长起来，正肩负着科研工作的重任，积极跟踪科研前沿，密切关注国际学术动态，为实现“国内领先、综合实力最强、关键技术领域有所突破、国际著名的综合型食用菌研究所”的目标而努力。
八、上海市农业科学院生态环境保护研究所
是由原土壤肥料研究所（环境科学研究所）与植物保护研究所于2002年7月合并组建而成。现有职工77人，其中高级职称42人，博士学位43人。下设环境污染物转化与修复、有害生物防控与生物资源利用、养分高效利用与土壤生态、水体修复与水生生物、气候变化与绿色生产5个研究室以及“上海东保农业科技有限公司”所属科技型企业。拥有“农业部上海农业环境与耕地保育科学观测实验站”、“上海市低碳农业工程技术研究中心”、“上海市农业环境保护监测站”和“上海市设施园艺技术重点实验室（共建）”4个科技平台。现有实验室面积5000m2，仪器设备2500余万元，配备有荧光定量PCR仪、气质联用仪、等离子发射光谱仪、连续流动化学分析仪、离子色谱仪、液相色谱仪、原子吸收分光光度计等20余台大型设备。是上海市土壤肥料学会挂靠单位、农业部农药田间药效登记试验资质认证单位。
根据现代农业的发展需求，结合自身优势，以绿色生态和可持续发展为指导原则，研究所确立了植物水肥药调控、土壤污染与修复、有害生物监测及绿色防控、农业废弃物生态循环与种养结合、农业环境污染监测与治理、湖泊流域水污染生态修复、有机废弃物生物质能源利用、种子种苗病害检测与健康评价和有益微生物开发与应用等为重点的研究与发展方向。近十年来，承担“十一五”、“十二五”、“十三五”国家科技部重大专项、科技部支撑计划、国家863计划，国家自然科学基金，农业部行业专项，上海市科委重大、重点项目，上海市农委重大、重点项目和国际合作研究项目等150余项；主持或参与获得国家、省、市级以上科技进步奖30多项，获得国家授权发明专利近百项，软件著作权16项，获得市级审认定新品种权4项。与加拿大国际磷钾肥研究所、日本东京农工大学、神户大学、琵琶湖研究所、德国亥姆霍兹国家研究中心环境研究所、美国澳大利亚联邦科学院等研究机构建立了长期的学术交流与合作研究关系。
目前，生态环境保护研究所已成为学科特色明显、人才结构优化、产业实力增强、自主创新能力和服务“三农”能力明显提升的农业科研机构，为我国和上海市现代农业的可持续发展、植物保护和生态环境建设提供了有力的技术支撑和保障。
九、上海市农业科学院生物技术研究所
现有在职职工45名，其中高级专业技术职务人员24名，硕、博士39名。下设植物细胞工程、植物基因工程及生物安全评价及检测三个研究室，是农业部转基因植物环境安全监督检验测试中心（上海）、上海市农业遗传育种重点实验室的主要依托单位和日常管理单位。
生物所根据国家及上海中长期科学和技术发展规划纲要，围绕大幅度提高农业科技创新能力和农业科技成果储备能力、转化能力，解决上海都市现代农业生产和发展中的关键问题，承担了大量国家级和市重大科技项目，发表SCI论文近200篇，单篇最高影响因子达13.7分；获授权发明专利近80项，品种审（认）定9份，品种权2项，主持取得市级科技成果十余项，其中获得上海市科技进步/技术发明一等奖5项、二等奖4项、三等奖3项。
生物所将在分子细胞工程育种技术创新与应用、合成生物学、特色作物营养与功能技术创新与应用、转基因检测与安全评价技术创新与应用等方面开展基础性、前沿性、公益性研究，为上海都市现代农业科技创新中心建设和农业供给侧结构性改革提供科技支撑。
十、上海市农业生物基因中心
上海市农业生物基因中心成立于2002年7月27日，是隶属于上海市农业委员会、委托上海市农业科学院管理的一类公益性事业单位，实行理事会领导下的首席科学家负责制。中心专注于农业生物基因资源研究，其宗旨为：立足上海、面向全国、接轨世界，为我国农业的持续发展准备物质与技术基础；主要任务为：农业基因资源的收集保存、研究评价、繁育创新和开发利用以及发展相关技术。
基因中心现设基因资源库、资源评价创新实验室 、节水抗旱稻研发中心、综合办公室四个部门，同时还是国家农作物种质资源平台（上海）、农业部作物基因资源与种质创制上海科学观测实验站、作物遗传改良国家重点实验室种质资源分室的依托单位。中心现有员工48人，博士后、硕博士研究生30余人。
基因中心建有综合性农业生物基因资源库，包括低温低湿和液氮两套保存系统，可实现30万份种质资源的长、中、短期保存。目前，基因中心收集保存的种质资源已达21万余份，对外提供8万余份次，包括主要的粮食和经济作物如水稻、小麦、玉米、大麦、油菜、蔬菜和花卉以及微生物资源和遗传工程材料。尤其是在水稻功能基因资源的收集保存方面已形成特色，拥有国内最多的生菜资源。资源评价创新实验室可开展优异种质的综合评价与鉴定，有利基因的发掘、分离与转移以及主要农作物功能基因组研究和种质资源的创新与利用。中心承担科技部国家重点研发计划、国家重点基础研究发展规划计划（973计划）、国家高技术研究发展计划（863计划）、农业部948重大专项、上海市科委和上海市科技兴农等重大、重点项目以及美国比尔和梅琳达•盖茨基金等国际合作项目。
从有利于国家粮食安全、水资源安全以及生态安全出发，中心将发展节水抗旱稻作为研究重点。2003年，育成了全国第一个节水抗旱稻品种“中旱3号”通过国家新品种审定；2004年，选育的“沪旱3号”、“沪旱7号”相继通过国家和上海市审定。目前中心育成了全球第一个旱稻不育系，并实现了三系配套。节水抗旱杂交稻“旱优2号”和“旱优3号”、“旱优8号”、“旱优113”、“旱优73”及节水抗旱常规稻“WDR48”、“沪旱61” 、“早玉香梗”相继通过上海市、安徽省、湖北省、广西省品种审定委员会审定，“沪旱15号”、“沪优2号”（原名“旱优2号”）通过国家新品种审定，开始在生产上大面积推广。25个品种获得植物新品种权授权。2015年，《节水抗旱稻 术语》和《节水抗旱稻抗旱性鉴定技术规范》成为农业行业标准实施。
研究成果《水稻遗传材料的创制保存和研究利用》、《水稻基因资源创新与分子技术育种》和《栽培稻节水抗旱种质评价、创新和新品种选育》和分别获2015年度、 2007年度和2005年度上海市科技进步奖一等奖，《节水抗旱稻不育系、杂交组合选育和抗旱基因发掘技术》获2010年度上海市技术发明奖一等奖，《水稻抗旱基因资源挖掘和节水抗旱稻创制》获2013年度国家技术发明二等奖。
